要判断乙方出资甲方代建办理产权证是否合法，需依据相关法律规定分析。
根据《中华人民共和国建筑法》（2019年修正）第十三条：“从事建筑活动的建筑施工企业、勘察单位、设计单位和工程监理单位，按照其拥有的注册资本、专业技术人员、技术装备和已完成的建筑工程业绩等资质条件，划分为不同的资质等级，经资质审查合格，取得相应等级的资质证书后，方可在其资质等级许可的范围内从事建筑活动。”若甲方作为代建单位，未取得对应资质却从事代建活动，则代建行为违反建筑法，后续办理产权证的基础不合法。同时，《中华人民共和国城市房地产管理法》第六十条规定“国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度”，若代建项目未完成规划、验收等法定程序，不动产登记机构将不予办理产权证，此时办证行为亦不合法。综上，甲方具备代建资质且完成法定程序时，该行为合法；反之则不合法。
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乙方出资甲方代建办理产权证过程中，可能面临以下法律风险：
1. 合同无效风险：若甲方无代建资质，根据建筑法规定，代建合同可能被认定为无效。例如，乙方委托无施工资质的甲方代建住宅项目，因甲方无法提供合法资质证明，双方签订的代建合同被法院判决无效，乙方已支付的出资款难以追回，项目也无法继续推进。
2. 产权证无法办理风险：若项目未完成法定程序（如未取得规划许可证、竣工验收不合格），不动产登记机构将不予办理产权证。例如，甲方未办理施工许可证即开工建设，项目完工后因程序违法无法通过验收，乙方无法取得合法产权证，房屋无法上市交易或抵押。
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乙方出资甲方代建办理产权证过程中，常见错误操作可能导致合法权益受损：
1. 未核实甲方代建资质：直接与无资质或资质不符的甲方签订代建合同，可能导致代建行为违反建筑法，项目无法通过验收，产权证办理受阻。
2. 代建合同条款模糊：合同未明确产权证办理时间、责任及违约条款，若甲方拖延或拒绝办证，乙方难以通过法律途径追责。
3. 忽视项目法定程序：未要求甲方提供规划、施工等许可文件，项目完工后未验收即申请办证，可能因程序违法被不动产登记机构驳回。

若已出现上述错误操作，建议尽快向专业律师咨询，及时采取补救措施，避免损失扩大。
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乙方出资甲方代建办理产权证的合法性，可能因以下特殊情况受到影响：
1. 代建期间甲方资质被撤销：若甲方在代建过程中因违规行为被撤销资质，根据建筑法规定，其不得继续从事代建活动，可能导致项目停工，需重新选择具备资质的代建单位，延误工期并增加成本，产权证办理时间也将大幅延长。
2. 项目涉及临时资质或特殊审批：若项目紧急，甲方取得临时资质或通过特殊审批从事代建活动，需确认临时资质的有效期及适用范围。若临时资质到期后未续期，代建行为将变为违法，后续产权证办理可能因资质问题受阻。
3. 合作建房涉及违法建设：若代建项目未取得规划许可证，属于违法建设，根据城市房地产管理法规定，无法办理合法产权证，乙方出资可能血本无归。

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